savci

Do poloviny 90. let 20. století bylo evidováno 40 druhů s., ale jejich počet je pravděpodobně vyšší. Dosud nebyl proveden podrobnější výzkum hlodavců a netopýrů, kteří jsou zastoupeni největším počtem druhů (shodně po 11). Hmyzožravců a šelem bylo zjištěno po 7 druzích, zajícovců 2 a sudokopytníků 1—2 druhy. Většina z nich obývá příměstské oblasti; hlavně lesy, louky, okraje rybníků a nejrůznější ruderální stanoviště. Směrem k centru města počet druhů klesá a většina s. zde přežívá zejm. v městských parcích. V zastavěných zónách s minimálním pokryvem vegetace se setkáme s málo druhy. Jde především o typicky synantropní hlodavce, myš domácí a potkana. Potkan se na území města vyskytuje v hojném počtu, zvláště v lokalitách s nadbytkem organických odpadů: v kanalizačních systémech, potravinářských provozech, chovech hospodářských zvířat apod. Vysoká koncentrace potkanů je v systémech rozvodů dálkového topení, především na starších panelových sídlištích Vltava a Šumava ve Čtyřech Dvorech. Někteří pracovníci deratizačních služeb odhadují, že na 1 obyvatele Českých Budějovic připadají až 2 potkani. Zastavěné plochy a stromová vegetace v zástavbě jsou obývány několika druhy netopýrů, kterým městské prostředí nahrazuje původní skalní a lesní biotopy. Běžně se vyskytuje netopýr vodní, netopýr vousatý, netopýr ušatý, netopýr dlouhouchý a netopýr večerní. V půdních prostorech, dutinách a štěrbinách ve zdivu, prostorech za obložením zdí apod. přežívají osamoceně žijící samci, na optimálních místech zakládají samice kolonie, v nichž rodí a vychovávají mláďata. Chladné a vlhké sklepní prostory netopýři využívají pro zimování. V posledních letech je registrováno rostoucí osídlování štěrbin mezi panely panelových domů zejm. netopýrem rezavým. Poměrně často se lze i v centru města setkat s netopýrem hvízdavým. Roku 1986 byl zaznamenán nálet několika set netopýrů hvízdavých do prodejny hudebnin u Černé věže, 1997 nalétlo přes 50 kusů do prázdného akvária v domě ve Skuherského ulici. Pestrost společenstva netopýrů v okolí Českých Budějovic dokládají výsledky výzkumu netopýrů v podzemním systému Orty u Borku. V období 1981—1993 zde byl zjištěn výskyt 9 druhů, ze vzácnějších např. netopýr velkouchý, netopýr černý a netopýr řasnatý. Z 11 druhů netopýrů zjištěných na území města a v jeho nejbližším okolí patří 3 druhy mezi silně ohrožené (netopýr velký, netopýr velkouchý, netopýr černý) a jeden mezi ohrožené druhy (netopýr dlouhouchý).

Životním podmínkám okrajových částí i centra města se přizpůsobila kuna skalní. Koncem 80. let 20. století, kdy byl zaznamenán vzestup její populační hustoty, se stala běžnou součástí fauny vnitřního města. Setkat se s ní lze na Senovážném náměstí. Z dalších šelem se především na okrajích města vyskytují lasice kolčava a lasice hranostaj, stále vzácnější tchoř tmavý, kuna lesní, liška obecná a vydra říční. Pronikání lišky i vydry na území města je odrazem zvyšující se populace v okolní krajině. Lišky byly pozorovány také v hustě osídlených oblastech, např. na Pražské třídě. Vydry, na rozdíl od lišek, které se na území Českých Budějovic i rozmnožují, pronikají do města jen v době potulek na podzim a v zimě. Vzácně se v této době, např. podél Malše, dostávají až k Sokolskému ostrovu. Stopy byly pozorovány i podél Vltavy a u městských rybníků.

Druhově nejpočetněji jsou s. zastoupeni v příměstských lesích, na mokřadních loukách a v parcích. Nejhojnějším druhem drobných s. v příměstských lesích je myšice křovinná. Jedinci tohoto hlodavce tvoří převážnou část populace drobných s. ve smrkovém lese u Čtyř Dvorů i ve smíšených borových a dubohabrových lesích u Dobré Vody. Z dalších druhů je v těchto lesích početný norník rudý a rejsek obecný, řidčeji je zastoupen rejsek malý a myšice lesní, ojediněle krtek obecný. Významné je zjištění výskytu myšky drobné u Dobré Vody. Tento nejmenší evropský hlodavec obývá hustě zarostlé břehy potoků a řek, rákosiny a mokřadní louky. Staví si zde ve vegetaci kulovitá hnízda i metr nad zemí. V polní krajině a navazujících kulturních loukách je nejpočetněji zastoupený s. hraboš polní, který odtud běžně proniká do zahrádkářských čtvrtí a parků na okraji města. Také zde je hojná myšice křovinná a rejsek obecný. Na podmáčených a jen občas sečených lučních stanovištích lze nalézt i některé méně běžné druhy, např. hraboše mokřadního, rejsce vodního nebo vzácného rejsce černého. V Českých Budějovicích byl výskyt rejsce černého potvrzen u Rožnova a není vyloučen ani v jiných lokalitách, např. u Vrbenských rybníků. V příměstském parku Stromovka a na přilehlé Dlouhé louce byl zjištěn výskyt 10 druhů hlodavců a hmyzožravců. Z okolní krajiny sem proniká srnec obecný a zajíc polní, trvale se vyskytuje ohrožená veverka obecná. Početnost populace králíka divokého v 90. letech 20. století znatelně klesla v důsledku myxomatózy a epidemie králičího moru. Králík se vyskytuje i na jiných místech města, např. podél železničních náspů či na rekultivované skládce popílku v Mladém. V parcích jsou nejrozšířenějšími druhy myšice křovinná a rejsek obecný, jejichž jedinci tvoří dvě třetiny celého společenstva s. Značným podílem jsou zastoupeni hrabošovití, zejm. norník rudý a hraboš polní. Z dalších druhů byl zjištěn výskyt krtka obecného, rejska malého, na vlhké louky vázaného hraboše mokřadního a vzácnějšího rejsce vodního. V parku Háječek byla při parazitologickém výzkumu zjištěna početná populace poměrně vzácné bělozubky šedé. Běžně se na území města vyskytuje ježek západní, vyloučen není možný výskyt ježka východního. Mezi volně žijící s. Českých Budějovic je možné zařadit i populaci zdivočelých koček domácích. Jejich počet je odhadován na několik set až tisíc. Jsou rozšířené hlavně v lokalitách, kde jim množství potravinářských provozoven poskytuje dobré podmínky pro přežití (např. Jeronýmova ulice). Vysoký počet koček vyvolává i jistá hygienická rizika. V roce 1997 byl z podnětu Okresní hygienické stanice zahájen jejich odchyt a vyšetřování.