Původně ves 2 km severně od středu Českých Budějovic, součást části obce České Budějovice 3.
Farářovy Dvory | Pfaffenhöf
Jméno prozrazuje, že ves vznikla z původního dvora, jehož majitelem byl kněz. Ještě 1479 měla české jméno Farářovy Dvory, ojediněle používaný název Kecenice je jen novodobé posměšné pojmenování. Českobudějovický farář Bušek 1350 prodal svůj dvůr pěti poddaným, kteří do 1848 odváděli faře úrok a vykonávali robotu. Počet selských hospodářství se nezměnil až do 1. čtvrtiny 18. století. Sčítání 1843 vykázalo 14 domů a 50 obyvatel. V roce 1850 se Kněžské Dvory staly samosprávní obcí, od 1868 byly osadou obce Čtyři Dvory, od 1921 opět obcí. K 1900 zde bylo napočítáno 266 Čechů a 34 Němců, 1930 900 Čechů a 34 Němců (celkem 136 domů a 947 obyvatel). V roce 1952 se obec Kněžské Dvory stala osadou obce České Budějovice a 1970 administrativně poklesla na pouhou základní sídelní jednotku (urbanistický obvod) v rámci části obce České Budějovice 3, v níž 2011 žilo 544 obyvatel ve 163 domech, z nichž 22 bylo neobydlených; 2021 pak 543 obyvatel ve 169 domech, z nichž 17 bylo neobydlených.
Kněžské Dvory vznikly po 1350 rozdělením doposud soustředěné pozemkové držby do vesnického celku, jak tomu bylo i u jiných vesnic v blízkosti Českých Budějovic (Čtyři Dvory). Byly založeny jako souvislá řada usedlostí po jedné straně starší cesty do Hrdějovic a Veselí nad Lužnicí, sledující zřetelně vyvýšený okraj zamokřené vltavské nivy. Usedlosti byly situovány směrem do nivy, zatímco polnosti, organizované podle zásad záhumenicové lánové plužiny, zaujaly plochy východně od cesty. Toto řešení bylo méně praktické než přímá návaznost usedlosti na pole, současně však nezmenšovalo využitelnou plužinu o plochy usedlostí. Kněžské Dvory tak od počátku představovaly zvláštní typ vsi s jednostranně zastavěnou návsí. Šlo o náves, neboť cesta byla před usedlostmi rozšířena. Po východní straně cesty žádné domy nevznikaly ani později. To mělo pro novodobý urbanistický vývoj Kněžských Dvorů paradoxně negativní důsledek, neboť 1874 otevřená železniční trať do Veselí nad Lužnicí se mohla přimknout poměrně těsně k návsi. Význam Kněžských Dvorů značně poklesl již po polovině 18. století, kdy byla pražská silnice, procházející dosud vsí, přeložena do nové trasy přes Nemanice a Borek.
Na konci 19. století začal rozvoj drobné novodobé řadové přízemní zástavby, která se rozšiřovala podél cesty k jihu, a to v celém úzkém území mezi okrajem nivy a tratí. Tehdy také vznikly všechny krátké příčné uličky a zčásti byla zastavěna i východní strana návsi. Po 1945 znemožnily další rozvoj Kněžských Dvorů velké průmyslové areály, které postupně vyrostly všude okolo intravilánu: na jihozápadě Motor Jikov, na severu masokombinát a na východě, za tratí, Kovocentrum. V souvislosti s vybudováním okružní silniční spojky mezi Pražskou třídou a Rudolfovskou třídou byla jako její pokračování západním směrem postavena i Nemanická ulice, ústící od východu do středu návsi.
Nejstarší usedlosti Kněžských Dvorů stojí po západní straně ulice Adolfa Trägera, přímo proti vyústění Nemanické ulice a severně odtud; souvislou řadu uzavírá velký montovaný objekt. Podobně je narušena i východní strana (elektrostanice Českých drah). Architektonicky hodnotným objektem je sýpka v usedlosti č. 85 (čp. 351), sýpky v usedlostech č. 97 (čp. 347) a č. 99 (čp. 348); druhá z nich je datována 1853. Jako celek Kněžské Dvory nepatří k hodnotným vesnickým celkům českobudějovické aglomerace. Jižně od vyústění Nemanické ulice byl zřízen parčík s památníkem padlých v obou světových válkách. Novodobá jižní část Kněžských Dvorů není architektonicky výrazná, převažuje zde meziválečná přízemní řadová zástavba, postupně zvyšovaná o patro. Zde také stojí postsecesní budova školy z 1923.
K bývalému katastru Kněžských Dvorů patřil Trägerův dvůr, dříve majetek rodiny Mikuláše Štrabocha (1539), a mlýn Suchomel na pravém břehu Vltavy.