Zakrytá stoková síť jednotné či oddílné soustavy, zajišťující společné nebo oddělené odvedení dešťových a znečištěných, tj. splaškových, průmyslových aj. odpadních vod z území.
Stavba první kanalizace ve vnitřním městě proběhla mezi 1832—1836. Současné stoky ve vnitřním městě z 1872—1890 byly provedeny v profilech až 110/140 cm z kamenného zdiva s cihelným dnem a klenbou a byly svedeny do Mlýnské stoky u Zadního mlýna. Dosavadní nefunkční proplachovací systém umožňoval transport usazenin díky vzdutí říční vody do stokového labyrintu. V době založení městských sadů 1874 byla pod nimi provedena kamenná klenutá stoka 280/200 cm pro Vrátecký potok přitékající z Lannovy třídy. Po povodni 1890 byla vyhloubena otevřená stoka podél železnice pro odvádění povodňových průtoků Vráteckého a Dobrovodského potoka. Koryta těchto vodotečí v Lannově a Žižkově třídě byla zaklenuta s ponecháním kamenných stěn z 1861. Obě stoky jsou součástí městské kanalizační sítě. Při rozšiřování stokové sítě mezi 1890—1950 se stalo téměř univerzálním použití vejčitého profilu 60/90 cm, betonovaného přímo ve výkopu.
Nesoustavná kanalizace vyúsťovala do okolních řek a drobných toků pěti kmenovými stokami a několika sběrači. Přes požadavek na lokální likvidaci odpadních vod (odvoz, místní čištění) a na uchování dešťového charakteru kanalizace vykazovaly vody ve vyústích silné znečištění. Základem pro podchycení vyústí a pro vytvoření jednotné stokové soustavy se stala Studie kanalizace města České Budějovice z 1961. Další rozšiřování a dokompletování kanalizace, doplněné 1969 čistírnou odpadních vod, vedlo k postupnému snižování zatížení okolních vodotečí přítokem znečištěných odpadních vod. Stoková síť s novými hlavními sběrači o profilu až 260/230 cm odvádí odpadní vody z města i z přilehlých obcí do čistírny odpadních vod umístěné u Hrdějovic na pravém břehu Vltavy. Celková délka městské kanalizační sítě je přes 300 km a je na ní napojeno přes 12 000 kanalizačních přípojek. Převažující charakter kanalizační sítě je jednotný pro splaškové i dešťové vody. Pouze na některých okrajích zástavby byly zejména v posledních desetiletích realizovány oddílné stokové systémy, tj. pro samostatné odvádění splaškových vod na čistírnu a samostatné odvádění dešťových vod do vodních toků.