Organické a neorganické utváření sídelních lokalit, především nízkopodlažní obytné zástavby v zázemí města od poloviny 90. let 20. století.
V průběhu historické suburbanizace se městská aglomerace poprvé výrazně rozšířila směrem na předměstí i do okolních vsí po demolici opevnění města a v pozdní fázi průmyslové revoluce od 70. let 19. století, zejména formou blokové zástavby na Pražském předměstí. Vznik samostatné republiky v roce 1918 přinesl novou etapu urbanistického vývoje. Hlavním hybatelem zůstával průmysl a hospodářský rozvoj, důležitým prostředkem byla železnice, umožňují dojížďku za prací. Zformovala se všechna tři předměstí, přičemž Linecké předměstí se spojilo s Rožnovem. Značný růst zaznamenaly Čtyři Dvory a Suché Vrbné, v menší míře Kněžské Dvory, Nemanice, Vráto a Včelná. Nové požadavky na komfort bydlení vedly k růstu vilkových čtvrtí pro vlastní obyvatelstvo města, a to bez ohledu na migraci z venkova. V širším zázemí města vzniklo několik desítek nových sídelních lokalit jako svébytné urbanistické celky.
V období socialismu (1948—1989) určovala přestavbu systému osídlení hlavně státem organizovaná hromadná výstavba, od 60. let 20. století typicky velkých panelových sídlišť, zastoupených levobřežní trojicí souborů Máj, Vltava a Šumava. Značný byl zároveň objem individuální a družstevní výstavby izolovaných nebo řadových rodinných domů, zejm. na Dobré Vodě, ve Starých Hodějovicích, na Nové Pohůrce, u Rudolfova, v Suchém Vrbném, Šindlových Dvorech a na Zavadilce. Výstavba probíhala v poměrně organické návaznosti na starší urbanistické struktury, vzniklo i několik nových sídelních lokalit. Českobudějovická aglomerace v té době zaznamenala vůbec největší plošný nárůst zastavěných ploch.
Nová vlna suburbanizace od poloviny 90. let 20. století se zprvu omezila na Prahu a její jihovýchodní zázemí a na některá velká města. Právě českobudějovická aglomerace patřila v rámci České republiky k oblastem, kde se rozvinula nejvíce. Celkový přírůstek zastavěných ploch 1990—2017 byl srovnatelný s přírůstkem v období socialismu a vykazoval další růstový potenciál. Hlavním motorem bylo hledání komfortnějšího bydlení, nejprve pro bohatší část obyvatel panelových sídlišť, později i pro jiné městské a zčásti též vesnické obyvatelstvo. Došlo k úbytku obyvatel jak centra města, které se komercionalizovalo, tak zejména panelových sídlišť. Poprvé klesl počet obyvatel vlastního města, v roce 1995 jich zde žilo 99 872, o 20 let později v roce 2015 celkem 93 513.
Suburbanizace z tohoto období je sledovatelná na území okrajů města, ale těžiště má v sousedních obcích. V obou případech probíhala buď organicky nebo neorganicky a v závislosti na individuální nebo developersky organizované koncepci parcelace a realizace výstavby.
Rozšiřování Českých Budějovic organicky navázalo a rozvinulo dosavadní urbanistickou strukturu, popřípadě zaplnilo menší volné plochy uvnitř intravilánu v lokalitách Máj, Rožnov, Nové Mladé, Suché Vrbné, Nové Roudné, Nemanice, Haklovy Dvory, Strakonická třída, České Vrbné. Podobně organicky se rozšířil intravilán integrovaných vesnic Borek, Staré Hodějovice, Nové Hrdějovice a Úsilné. Vzniklá, převážně rodinná výstavba, se sice architektonickým typem většinou liší od dosavadní zástavby, urbanisticky ale nevytváří svébytné nové celky.
Naopak neorganicky nově vzniklé oddělené sídelní útvary nebo urbanistické celky sice těsně sousedí se stávajícími sídly, ale vykazují jinou urbanistickou strukturu, v mapě na první pohled odlišitelnou. Jsou výsledkem extenzivního typu suburbanizace, v českobudějovické aglomeraci převažujícím. Takto na území města v období 1990—2017 vznikly nové lokality v Rožnově, v Českém Vrbném, na Zavadilce, nebo největší nový českobudějovický suburbánní celek Švábův Hrádek, v místě bývalé samoty s výletním hostincem a později skládky komunálního odpadu. V dalších obcích českobudějovické aglomerace byly vystavěny nové urbanistické celky v obcích a částech obcí Adamov, Boršov nad Vltavou, Poříčí, Hlincová Hora, Nové Homole, Litvínovice, Mokré, Šindlovy Dvory, Včelná (včetně přiléhajícího Zadního Tomšince na katastru obce Plav), Roudné, Srubec a Vidov.
Přes těsné sousedství tyto nové suburbánní celky často postrádají přímé komunikační propojení se starším intravilánem, mnohdy dané neprostupností tradičních humen. Výjimečná jsou pravoúhlá či jiná geometrická zastavovací schémata, převažuje améboidní půdorys se zakřivenými ulicemi a slepými komunikacemi. Většinou nemají občanskou vybavenost ani prostory náměstí nebo parků, nízké je zastoupení bytových domů. Z hlediska urbanistické kompozice jsou až na výjimky domy čtvercového resp. centrálního půdorysu situovány uprostřed parcely bez soukromí, pokud toto není zajištěno vysokými a neprůhlednými ploty. V naprosté většině znamenají cizorodý vklad do dosavadní urbanistické, sídelní, ale též krajinné struktury. Funkční propojení s aglomerací přináší problémy v dopravě a nadměrně zatěžuje infrastrukturu města.