třicetiletá válka

V prvních letech třicetileté války se vzhledem ke své strategické poloze staly důležitým válčištěm zejm. jižní Čechy; královské město České Budějovice se několikrát dostalo do samého středu válečného dění. Císařští si byli významu Českých Budějovic dobře vědomi a v červnu 1618 jmenovali tamního správce císařského solního skladu Johanna Aulnera z Birkenfelsu († 1618) vojenským velitelem města a pověřili ho naverbováním oddílu k obraně Českých Budějovic. Rovněž čeští stavové se snažili získat Budějovické na svou stranu, a proto v červnu 1618 zahájili jednání s představiteli města. Městská rada, podporovaná německým patriciátem, se pokusila přejít do stavovského tábora, ale řemeslnictvo a chudina se postavili proti (22. 6.). Nezdařil se ani pokus radních přivést české vojsko v noci do města tajně otevřenou branou (27. – 30. 6.), který 30. 6. vyvolal bouřlivou demonstraci českobudějovických měšťanů. Členům městské rady nezbylo než následující den stvrdit věrnost habsburskému domu přísahou na císařský prapor v domě hejtmana Aulnera. Obratným manévrováním v dalších týdnech Aulner zcela paralyzoval odpor většiny členů rady, mj. 2 nejzatvrzelejší nechal uvěznit. Slavnostní přísaha věrnosti císaři, kterou 22. 7. složila městská rada, starší města i celá obec na českobudějovickém náměstí, definitivně završila Aulnerův úspěch a potvrdila setrvání Budějovic v protistavovském táboře. V té době (od 25. 6.) již byly České Budějovice sevřeny stavovskou armádou pod velením Jindřicha Matyáše hraběte z Thurnu (1567—1640), který se ani po rozhodnutí Budějovických zůstat v císařském táboře neodhodlal k ráznější akci vůči zatím jen slabě hájenému městu. V polovině srpna 1618 zanechal Thurn marného obléhání a odtáhl s hlavními silami vstříc nově zformované císařské armádě. Ve stavovském ležení v Rudolfově ponechal pouze dva prapory pěchoty.

V pozdních nočních hodinách 9. 11. 1618 dorazily do Českých Budějovic první oddíly císařského vojska pod velením Karla Bonaventury de Longueval à Vaux hraběte Buquoye (1571—1621). Po dvou porážkách, které jim uštědřili Thurnovi vojáci 18. 10. u Hořepníku a 9. 11. u Lomnice nad Lužnicí, hledali císařští, celkem asi 5 000 mužů, v Budějovicích a jejich okolí bezpečný úkryt a zimní kvartýr. Dne 10. 11. přitáhl Thurn s vojskem opět do Rudolfova, ale na nepřipravené Budějovice nezaútočil; naopak 12. 11. vytáhl s hlavními silami do Rakous. Zbytek stavovské armády pod velením Georga Friedricha hraběte von Hohenlohe (1569—1645) znovu oblehl vzdorné České Budějovice. Poskytl tak Buquoyovi čas na zdokonalení obrany města, které zůstalo i v následujících letech české války hlavní základnou císařských vojsk v Čechách. Zima 1618—1619 byla pro obležené České Budějovice velmi zlá. Měšťané i vojáci trpěli hladem a mnoho obětí si vyžádala epidemie, která v přelidněném městě vypukla počátkem 1619. Situace se začala měnit na jaře 1619, kdy do Budějovic začaly postupně přicházet posily. S čerstvými silami pak Buquoy 10. 6. 1619 vybojoval u Záblatí vítěznou bitvu se stavovskou armádou, přicházející od Plzně posílit obléhatele v Rudolfově. Tím skončilo i obléhání Budějovic, neboť vystrašený velitel stavovského sboru v Rudolfově se dal na ústup od Českých Budějovic k Soběslavi a vítězný Buquoy pohodlně ovládl četná města a hraniční přechody na jihu Čech. Vyklizení Rudolfova stavovským sborem využili také českobudějovičtí měšťané. Zaútočili proti bezbrannému hornickému městu, vypálili ho a jeho obyvatele dílem pobili a dílem vyhnali, zatímco zajaté mladé muže násilně odvedli do císařské armády. Po odchodu Buquoye do Rakous převzal velení nad císařskými jednotkami v Budějovicích B. de Marradas.

Dne 22. 9. 1620 dorazila do Českých Budějovic pod společným velením hraběte Buquoye a bavorského vévody Maxmiliána I. (1573—1651) spojená habsbursko-ligistická armáda, která se odtud vydala na rozhodující tažení ku Praze. Jejím odchodem skončila pro Budějovické první etapa třicetileté války, která jim přinesla značné škody a strádání. Četných násilností na měšťanech a jejich majetku se navzdory přísným trestům dopouštěli i císařští obránci města. Podobnou zkušenost s císařskými vojáky učinili Budějovičtí i později, např. v létě 1626, když byly do města položeny jednotky vyslané k potlačení povstání hornorakouských sedláků.

Do jižních Čech události třicetileté války výrazněji zasáhly znovu až počátkem 30. let 17. století, když saský vpád do země přiměl nejvyšší zemské úřady, místodržící i přední církevní hodnostáře k přesídlení do Českých Budějovic. Ty se tak staly dočasným hlavním městem království, v němž se v lednu 1632 konalo i zasedání zemského sněmu. V letech 1631—1632 a 1634—1635 byly v městském farním kostele rovněž uloženy české korunovační klenoty, zemské desky a zemská privilegia. V Českých Budějovicích a jejich okolí byly umístěny i početné vojenské jednotky, které se neustále obměňovaly, neboť celý region sloužil ve 30. a 40. letech 17. století jako nástupní prostor pro zformování císařských armád přicházejících z Podunají. V květnu 1632 se na budějovickém náměstí konala poprava rytíře Kryštofa Čabelického ze Soužíc. Místodržící ho označili za zrádce, protože se do Čech vrátil spolu se saskou armádou a na českém venkově verboval sedláky do boje proti Habsburkům. V březnu 1632 byl zajat císařskými a ti se rozhodli pro jeho exemplární potrestání.

V následujících letech byly České Budějovice ještě několikrát vystaveny hrozbě vojenského útoku švédských armád (1639, 1640 a 1648), ale přímé válečné akce se jich již nedotkly. Náklady na vydržování vojsk i četné škody, vzniklé jejich řáděním a pleněním přímo ve městě či v poddanských vsích a zejm. důsledky rozsáhlého požáru, který v červenci 1641 zničil více než dvě třetiny města vyčerpaly a dlouhodobě oslabily lidský i ekonomický potenciál Českých Budějovic. Celková obnova tak představovala nelehký a dlouhodobý úkol.