ptáci

V hnízdní době byl ornitologickými výzkumy 1985—1996 zjištěn výskyt více jak 130 druhů (z nich zde asi 120 druhů zároveň hnízdilo). Vysoká druhová pestrost avifauny svědčí o rozrůzněnosti stanovišť na území města.

Ornitologicky nejbohatším územím jsou příměstské zóny přírodního charakteru a zejm. oblast přírodní rezervace Vrbenské rybníky, park Stromovka a některá území kolem Malše nebo okolí Dobré Vody. V centru města žije asi 40 ptačích druhů, především tam, kde je zástavba prostoupena městskou zelení. V parku Na Sadech bylo 1990 na ploše pouhých 3,5 ha zjištěno hnízdění 112 párů 23 druhů p. Vedle havrana polního, jehož kolonie avifauně parku dominuje, zde k nejhojnějším p. patří kos černý, pěnkava obecná, zvonek zelený, hrdlička zahradní, pěnice černohlavá a sedmihlásek hajní. Podél Mlýnské stoky sem, až do centra města, pronikají i druhy vázané na vodu, např. konipas horský a kachna divoká, která úspěšně vyhnízdila také v dutině stromu nedaleko pomníku A. Lanny. Pozoruhodný nárůst zaznamenala populace havranů. První 3 páry zahnízdily Na Sadech 1984, 1997 čítala městská populace přes 300 párů. Hnízdní kolonie havranů vznikaly také v areálech nemocnic, na Vrchlického nábřeží, u kostela svatého Prokopa a svatého Jana Křtitele a jinde. Jejich vysoké lokální koncentrace vyvolávají odmítavé reakce některých obyvatel, zazněly dokonce požadavky na jejich vypuzení z města. Vážnější problémy však v centru města vyvolávají zdivočelí holubi domácí. V dubnu 1996 byl jejich počet odhadován asi na 6 000 kusů. Vzhledem ke škodám působeným jejich trusem na památkových objektech rozhodl Úřad města Českých Budějovic počet holubů regulovat. Roku 1996 odchytila speciální firma 3 352 kusů. Mezi početně zastoupené druhy p. v centru města patří zejm. rehek domácí, původně skalní druh, který hnízdí ve výklencích nejrůznějších budov. Na budovách hnízdí také rorýs obecný, kavka obecná, poštolka obecná, jiřička obecná a ve městě již vzácná vlaštovka obecná. Tyto skalní a dutinové druhy p. jsou na konci 20. století vázány na různé prostory městských staveb natolik, že se ve volné přírodě prakticky nevyskytují, nebo jen zřídka. K silně ohroženým druhům patří hlavně kavka obecná. V Českých Budějovicích hnízdí v centru města několik desítek párů, především v půdních prostorách velkých budov (Úřad města, Justiční palác apod.). Prostředí panelových sídlišť se dokázala přizpůsobit jiřička (na některých blocích může být i více jak 100 hnízd). Také rorýsi s oblibou hnízdí v odvětrávacích prostorech pod střechami panelových domů. Mezi nejvzácnější druhy vázané svým výskytem na budovy patří sýček obecný. Koncem 80. let se na území města vyskytovaly nejvýše 4 páry, 2005 zřejmě již žádný. Ze sov jsou hojněji zastoupeni kalous ušatý a puštík obecný. Kalous se vyskytuje především v okrajových částech města, kde hnízdí ve starých hnízdech strak. Puštík proniká do centra města častěji. Hnízdí zejm. v dutinách stromů podél Malše, ale i Na Sadech, příp. v zahradě Hardtmuthovy vily. Jeho hlasité houkání v zimním a jarním období bývá často považováno za volání sýčka.

Osídlování Českých Budějovic p. probíhalo postupně od založení města. Kdy jednotlivé druhy město kolonizovaly, většinou není známo; proces osídlování novými druhy stále pokračuje. Za posledních 150 let jich přibylo minimálně 14. V polovině 19. století např. kos černý a zvonohlík zahradní, později drozd zpěvný a drozd kvíčala, který osídlil okraje města v posledních desetiletích 20. století. Ve 40. letech se objevila hrdlička zahradní, asi v 70. letech poštolka obecná a holub hřivnáč, který hnízdí mj. v parku u kostela svatého Prokopa a svatého Jana Křtitele nebo na Sokolském ostrově. Hnízdění volně žijícího páru labutí velkých na Vrbenských rybnících (1953) bylo jedním z prvních v jižních Čechách. Od počátku 60. let hnízdí labutě na rybnících na území města pravidelně. Počet hnízdících párů kulminoval koncem 80. let, kdy se pohyboval kolem 6—8, v 1. pol. 90. let maximálně 3—5 párů. Pravidelnými hnízdišti labutí jsou rybníky u Českého Vrbného, Haklových Dvorů, rybník Bor u Slévárny České Budějovice, před vypuštěním také Lišovský rybník u Zavadilky. Překvapující jsou na území města hnízdní kolonie břehulí říčních, které jsou dočasně zakládány v částečně odtěžených hromadách písku či škváry. V Českých Budějovicích se až do 2002 nalézala i dvě hnízda čápa bílého (v Českém Vrbném asi od 1952 a na komíně v areálu pivovaru Samson od 1976). Druhé hnízdo zaniklo 2003, kdy byl komín stržen. Ze vzácnějších druhů, které v 70.—90. letech osídlily město či jeho okraje, je významný moudivláček lužní, čečetka zimní a slavík modráček středoevropský.