Systém úřadů a institucí zajišťujících v daném místě výkon činností náležejících do pravomoci státu nebo dohled nad činnostmi svěřenými orgánům samosprávy.
Organizace státní správy prošla dlouhým a složitým vývojem. Jako královské město byly České Budějovice úzce spjaty s panovnickou mocí již od svého založení. Královým zástupcem ve městě byl rychtář (v Českých Budějovicích jmenovaný poprvé 1296), přímý dohled nad městem vykonával královský podkomoří. Po vytvoření soustavy krajů v průběhu 15. století přešly některé pravomoci na krajské hejtmany a krajské poprávce. České Budějovice byly součástí Bechyňského kraje. Při reformě krajské správy 1751 vznikl samostatný Budějovický kraj a České Budějovice se staly krajským městem a sídlem krajského úřadu.
K výrazným změnám v systému politické správy došlo 1850. Základními jednotkami územní správy se staly obce, kterým náležel také výkon určitých pravomocí státní správy, nově vznikla síť politických okresů spravovaných okresními hejtmanstvími. Po zrušení krajských úřadů 1868 přešly pravomoci výkonu státní správy dílem na okresní hejtmanství, dílem na místodržitelství a tento stav trval v nezměněné podobě až do roku 1918. Po vzniku ČSR vznikly v okresech okresní správy politické, přejmenované 1928 na okresní úřady. Při nich působili kromě administrativního personálu také státní úředníci s jasně danými pravomocemi, a to okresní lékař, okresní zvěrolékař, okresní lesní technik nebo personál okresního cejchovního úřadu. V čele českobudějovického okresního hejtmanství (úřadu) se 1850—1945 vystřídalo celkem 18 okresních hejtmanů. Nejdéle z nich působil v úřadě František Josef Křikawa (1851—1932), okresní hejtman 1896—1913. V letech druhé světové války byly České Budějovice sídlem tzv. oberlandratu, úřadu s územní působností pro několik dřívějších okresů, který byl podřízen přímo říšskému protektorovi. Tyto oberlandraty byly pověřeny vykonáváním dozoru nad okresními a obecními úřady a institucemi ve svém obvodu. Po 1945 byl v podstatě obnoven stav politické správy z předmnichovské doby s tím rozdílem, že v čele státní správy stály volené národní výbory. Od května 1945 sídlil v Českých Budějovicích okresní národní výbor, od února 1949 (po ustavení Českobudějovického, později Jihočeského kraje) i krajský národní výbor. Aparáty národních výborů měly až do 1990 rozhodovací a výkonnou pravomoc jak ve správní, tak v hospodářské a kulturní oblasti a až do konce 1989 realizovaly v praxi politiku vedoucí úlohy Komunistické strany Československa ve společnosti.
V roce 1990 byl zrušen Jihočeský kraj a opět vznikla síť okresních úřadů. V čele českobudějovického okresního úřadu, sídlícího nejprve v Kněžské ulici, později v Mánesově ulici č. 3, se postupně vystřídali Marie Motyčková, provdaná Krybusová, (přednostkou 1990—1995, Renata Frelichová 1995—2001 a Josef Šíma 2001—2002. Okresní úřad byl až do roku 2002 základním článkem systému státní správy na Českobudějovicku. Kromě něho působily v Českých Budějovicích i další úřady s okresní působností (školský úřad, živnostenský úřad, úřad práce, pozemkový úřad, Státní okresní archiv, okresní vojenská správa aj.), regionální pracoviště ministerstva hospodářství, ministerstva zemědělství, ministerstva životního prostředí a nejvyššího kontrolního úřadu, územní pracoviště státní energetické inspekce, státní meliorační správy, státního úřadu pro jadernou bezpečnost a některých dalších státních institucí. V důsledku rozsáhlé reformy veřejné správy, prováděné v několika etapách od 2000, byl na počátku 3. tisíciletí systém státní správy výrazně proměněn. V roce 2000 byl opět obnoven Budějovický kraj (od 2001 přejmenovaný na Jihočeský) v čele s hejtmanem, spravovaný krajským úřadem. K 31. prosinci 2002 zanikly okresní úřady. Jejich kompetence přešly dílem na krajský úřad, dílem na pověřené obecní úřady s rozšířenou působností. Pro hospodaření se státním majetkem na území okresu vznikl Úřad pro zastupování státu ve věcech majetkových. Jeho českobudějovické územní pracoviště sídlí v Prokišově ulici č. 1202/5, v jeho čele stojí od 2016 Pavel Bednařík.