Činnosti vykonávané orgány státní správy, odbornými organizacemi a nevládními sdruženími s cílem zachovat a ochránit základní ekologické procesy i estetické hodnoty krajiny.
K prvním přímým opatřením k o. p. v českých zemích patřilo nařízení Karla IV. (1316—1378) na ochranu lesů. Jako soustavné hnutí se o. p. rozvíjí od 1. pol. 19. století, nejprve na myšlenkových základech romantismu, kdy vznikaly různé spolky pro okrašlování a ochranu domoviny. Vědecké základy péče o přírodu (přírodní památky) položil 1904 Hugo Conwentz (1855—1922).
Státem řízená o. p. se konstituovala po vzniku ČSR roku 1918 a až do 1990 byla institucionálně a často i personálně úzce spjata s památkovou péčí. Po celé meziválečné období byl jediným profesionálním pracovníkem oboru Rudolf Maximovič, který jako generální konzervátor řídil úřední o. p. na tehdejším Ministerstvu školství a národní osvěty. Roku 1956 byl přijat samostatný zákon o ochraně přírody č. 40/1956 Sb a o dva roky později zákon o památkové péči. Na jejich základě vzniklo v Českých Budějovicích Krajské středisko státní památkové péče a ochrany přírody jako odborná organizace pověřená dokumentací, evidencí, metodickou činností a odborným průzkumem v rámci obou oborů. Výkonná pravomoc v oboru o. p. byla převedena na krajský a okresní národní výbor. Od 1991 došlo k delimitaci oboru o. p. od památkové péče a vznikl Český ústav ochrany přírody.
Zákon o ochraně přírody a krajiny č. 114/1992 Sb. a prováděcí vyhláška č. 395/1992 Sb. posílily postavení celého oboru o. p., akceptovaly do té doby opomíjený ekosystémový přístup k ochraně volné krajiny a zvýšily pravomoce jednotlivých orgánů státní správy. Významné krajinné prvky jsou buď zákonem přímo uváděny, zejm. lesy, vodní toky, rybníky, rašeliniště a údolní nivy, nebo zahrnuty pod další důležité strukturní složky krajiny jako např. mokřady, meze, remízy, přirozené louky, významné parky a zahrady. Na území Českých Budějovic bylo 1997 kromě významných krajinných prvků ze zákona registrováno dalších 27 zájmových území, z nichž nejdůležitější představují parky Stromovka, Sokolský ostrov a Na Sadech. Územím města probíhá síť nadregionálního (důležitý biokoridor toků Vltavy a Malše), regionálního a místního systému ekologické stability krajiny. V katastru města a jeho bezprostřední blízkosti se nacházejí 4 zvlášťě chráněná území: přírodní rezervace Vrbenské rybníky a přírodní památky Vrbenská tůň, Kaliště a Tůně U Špačků, dále také 8 stromů památných.
Na základě zákona z 1992 vykonává na území města České Budějovice státní správu v o. p. v přenesené působnosti (z okresního úřadu) Odbor ochrany životního prostředí Magistrátu města České Budějovice. Kromě běžné úřední agendy zabezpečuje registraci, ochranu a péči o významné krajinné prvky, hodnotí a vymezuje místní systém ekologické stability, zajišťuje péči o zvlášť chráněná území, vyhlašuje památné stromy a součástí jeho pravomocí je i vydávání povolení ke kácení stromů mimo les a ukládání náhradní výsadby. Magistrát města financuje přímou péči, údržbu a asanační zásahy v chráněných územích a ostatních zájmových přírodních lokalitách.
Ekologická výchova je zajišťována zejm. formou spolupráce Odboru životního prostředí Magistrátu města České Budějovice s nevládními ekologickými organizacemi, např. Jihočeským sdružením ochránců přírody (2003 bylo zrušeno, aktivity regionálního centra převzala základní organizace Šípek), Rosou – Jihočeskou společností pro ekologické informace a aktivity, Sdružením pro záchranu prostředí Calla a zejm. Centrem ekologické a globální výchovy Cassiopeia, působením na veřejnost s důrazem na předškolní a školní děti a mládež. V přírodní rezervaci Vrbenské rybníky byla zřízena přírodovědná naučná stezka, jsou vydávány příležitostné informační materiály s tematikou ochrany přírody.
V souvislosti s transpozicí práva Evropské unie v oblasti ochrany přírody, tj. směrnice Rady 92/43/EHS o ochraně přírodních stanovišť, volně žijících živočichů a planě rostoucích rostlin (tzv. směrnice o stanovištích) a směrnice Evropského parlamentu a Rady 2009/147/ES o ochraně volně žijících ptáků (tzv. směrnice o ptácích) do našeho právního řádu byla po roce 2000 v České republice postupně vytvářena (dnes už dokončená) soustava chráněných území Natura 2000, zahrnující evropsky významné lokality (podle směrnice o stanovištích) a ptačí oblasti (podle směrnice o ptácích). Na území Českých Budějovic jsou evropsky významnými lokalitami malá část přírodní památky Tůně u Špačků a celá přírodní rezervace Vrbenské rybníky; ta je nadto součástí rozsáhlé ptačí oblasti Českobudějovické rybníky.