Akademie věd České republiky

AV ČR navázala svou činností na ČSAV a řadu dalších jejích předchůdců.

V Českých Budějovicích se ČSAV objevila poprvé v závěru 70. let 20. století v souvislosti s rozhodnutím Ústředního výboru Komunistické strany Československa (1974) a v návaznosti na usnesení jejího XV. sjezdu přesunout část výzkumných kapacit z Prahy na venkov. Budování regionálních pracovišť ČSAV do značné míry souviselo se snahou tehdejšího stranického a státního vedení odsunout část vědeckých pracovníků mimo Prahu, kde vzhledem k velké koncentraci výzkumných a vysokoškolských institucí bylo obtížné provádět jejich politickou kontrolu (cenzura, výjezdy do zahraničí). Svou roli hrálo také vědomí událostí let 1968—1969, kdy pražská inteligence výrazně akcelerovala celý obrodný proces. Vedení ČSAV nicméně toto rozhodnutí, prezentované jako „další etapa rozvoje našeho základního výzkumu“, uvítalo, neboť dlouhodobá koncepce rozvoje ČSAV do roku 2000 zajišťovala finance na rozvoj pracovišť a jejich přístrojové vybavení, které by vláda výzkumné činnosti v Praze nenabídla. Přesun do Českých Budějovic měl rovněž vyřešit problémy vyplývající z dislokace jednotlivých ústavů, které byly rozptýleny na řadě nevyhovujících míst po celé Praze. Vedení města České Budějovice a Jihočeského kraje tento přesun podporovalo, neboť v něm spatřovalo zlepšení akademického prostředí jižních Čech, kdy se dosavadní vysoké školy ve městě věnovaly především výuce a výzkum tvořil jen zanedbatelnou složku jejich činnosti. Přesouvaná biologicko-ekologická pracoviště nabízela v jižních Čechách, výrazně agrárním kraji, možnost kooperace se zemědělskými družstvy či lesními závody.

Ústavy ČSAV nově dislokované do Českých Budějovic byly sdruženy do tzv. Jihočeského biologického centra ČSAV (JčBC), které oficiálně existovalo od 1. 10. 1981 do 15. 11. 1990. Jeho vůdčí osobností byl ředitel Entomologického ústavu V. Landa, který byl zároveň i členem prezídia ČSAV zodpovědným za výstavbu JčBC. Budování akademického areálu ve městě započalo již 1978. Tehdy byla pro potřeby ČSAV adaptována budova bývalé Střední technické zemědělské školy v ulici Na Sádkách (počátkem 1980 zde bylo již 80 pracovníků), nicméně od počátku se počítalo s ambiciózním projektem, který se víceméně podařilo naplnit až po 1989. Tím byla vlastní výstavba biologického centra, s níž se začalo 2. 4. 1980, kdy byl položen základní kámen, poblíž areálu Agronomické fakulty Vysoké školy zemědělské ve Čtyřech Dvorech. Do 1984 měly být plně postaveny objekty Parazitologického a Entomologického ústavu a jejich pomocné provozy (1. etapa), na což okamžitě měla navazovat 2. etapa, plánovaná do 1988, která měla vést k výstavbě Ústavu experimentální botaniky, vývojových dílen a sympoziálního střediska. Ústav krajinné ekologie a 1986 nově založený Ústav půdní biologie měly do budoucna sídlit v rekonstruované budově Na Sádkách. Celkem se v této fázi počítalo s tím, že v JčBC bude pracovat 800—1 000 pracovníků, což představovalo přibližně jednu desetinu všech tehdejších zaměstnanců ČSAV v celé republice; tohoto stavu zaměstnanců však nebylo nikdy dosaženo.

V lednu 1984 zřídilo prezidium ČSAV českobudějovické pracoviště Společné laboratoře, útvary a provozy, které mj. zahrnovalo i knihovnu, a 13. 5. 1985 byly za účasti předsedy československé vlády Lubomíra Štrougala (* 1924) slavnostně otevřeny objekty dokončené v 1. etapě výstavby centra (plný provoz byl zahájen do konce 1985). Bez zmínek o změnách termínů se tehdy hovořilo již o třech etapách výstavby, jež měly být dokončeny do 1991. Druhá etapa byla dokončena až 1990 (budova Ústavu experimentální botaniky, Laboratoře analytické chemie, společné provozy – biomatematické středisko, knihovna, studovna, přednáškový sál, učebny).

Třetí etapa byla zahájena roku 1989. Původně zahrnovala výstavbu druhé budovy Ústavu experimentální botaniky, samostatné budovy Ústavu půdní biologie a celoakademických vývojových dílen. Jejího dokončení se již ujala Jihočeská univerzita a její nově založená Biologická fakulta, neboť ČSAV po 1989 procházela výrazným snižováním počtu pracovníků i investic (zejm. 1991—1993). I v Českých Budějovicích tak počet pracovníků JčBC poklesl ze 650 o více než jednu třetinu; především šlo o redukování laboratorního personálu, přičemž došlo i k reorganizaci některých ústavů a zrušení řady pomocných pracovišť. Naopak nově byly 1990 zřízeny Hydrobiologický ústav, Ústav molekulární biologie rostlin a Společná technicko-hospodářská správa biologických pracovišť.

Spolupráce JčBC i jeho jednotlivých ústavů se zemědělskými, lesnickými a vodohospodářskými podniky kraje přinesla řadu významných a ekonomicky využitelných výsledků. Od 1984 se centrum rovněž podílelo i na výuce, hlavně vedení diplomových prací, na Agronomické fakultě Vysoké školy zemědělské a částečně i na Pedagogické fakultě. Proto bylo logické, že z těchto pracovišť přišel za nových poměrů, které po 1989 podporovaly vznik regionálních univerzit, podnět ke vzniku Biologické fakulty Jihočeské univerzity, dnes Přírodovědecké fakulty Jihočeské univerzity, s níž jsou českobudějovické biologické ústavy AV ČR trvale úzce propojeny jak personálně, tak i pedagogicky a vědecky.

K roku 2019 působí v Českých Budějovicích celkem 5 ústavů AV ČR:

1. Entomologický ústav (založen 1953 v Praze) byl za ředitelství V. Landy mezi prvními akademickými pracovišti přesunutými do Českých Budějovic. Je zaměřen na základní i aplikovaný výzkum hmyzu (hmyz jako škůdce, významná složka přírodní biodiverzity či jako modelový objekt výzkumu). V rámci své činnosti ústav řeší biomedicínské problémy (výzkum dědičnosti, řízení denních rytmů, mechanismus působení hormonů aj.) a otázky ochrany přírody (matematické modelování, sledování změn životního prostředí, boj se škůdci). Mj. vydává ve spolupráci s Českou entomologickou společností časopis European Journal of Entomology.

2. Hydrobiologický ústav vznikl roku 1990 osamostatněním dosavadní Hydrobiologické laboratoře (dříve součást Ústavu krajinné ekologie). Zabývá se výzkumem vzájemných vztahů mezi organismy ve volné vodě nádrží a jezer, působením klimatických faktorů na fungování vodních ekosystémů – zejm. provádí dlouhodobé sledování přehrad Vltavské kaskády a vodní nádrže Římov, kde dokumentuje vývoj eutrofizace a acidifikace nádrží (včetně horských jezer) a prognózuje tak jejich další vývoj. Od 1987 pořádá pravidelné mezinárodní konference o limnologii a kvalitě vod údolních nádrží.

3. Parazitologický ústav (založen 1962 v Praze, od 1984 v Českých Budějovicích) se věnuje studiu druhové diverzity, biologie a fylogenetických vztahů vybraných skupin parazitických živočichů s důrazem na jejich interakce s hostiteli na organismální, buněčné i molekulové úrovni. Při výzkumu jsou používány tradiční metodické přístupy včetně elektronové mikroskopie a zejm. moderní molekulárně-biologické, biochemické a imunologické metody. Objekty studia jsou jedno- a mnohobuněční cizopasníci ryb, vybrané skupiny parazitů člověka a hospodářských zvířat a krev sající členovci přenášející virová a bakteriální onemocnění, především klíšťata. Ústav vydává mezinárodní vědecký časopis Folia Parasitologica.

4. Ústav molekulární biologie rostlin vznikl 1990 oddělením českobudějovického pracoviště od Ústavu experimentální botaniky se sídlem v Praze. Je zaměřen především na základní výzkum v oblasti molekulární genetiky a genového inženýrství, rostlinné virologie, fyziologie a biofyziky fotosyntézy. Řada jeho výstupů se uplatnila v zemědělské praxi, ve šlechtění chmele, brambor, luskovin, lnu či okrasných květin.

5. Ústav půdní biologie vznikl 1986 osamostatněním Laboratoře půdní biologie od tehdejšího Ústavu krajinné ekologie. Rozvíjí obor půdní biologie zahrnující půdní zoologii, mikromorfologii, mikrobiologii a chemii. Řeší základní otázky spojené s tvorbou a úrodností půd. Vědecké projekty jsou zaměřeny na výzkum společenstev půdních organismů v přírodních i lidskou činností ovlivněných ekosystémech, na problematiku vzájemných vztahů mezi půdními živočichy, mikroorganismy a neživými složkami půdy, na otázky koloběhu živin v půdě a tvorby humusu. Poznatky se aplikují v zemědělství, lesnictví a ochraně životního prostředí. Ústav se mj. podílí na vydávání časopisu European Journal of Soil Biology. Od 1993 rozvíjí též společné pracoviště aplikované ekologie s Biologickou fakultou Jihočeské univerzity.

Usnesením XXVII. zasedání Akademického sněmu AV ČR ze dne 15. 12. 2005 bylo s účinností od 1. 1. 2006 sloučeno pět českobudějovických vědeckých ústavů AV ČR se Společnou technicko-hospodářskou správou biologických pracovišť AV ČR do společného pracoviště s názvem Biologické centrum AV ČR, v.v.i. V současnosti tak Centrum zahrnuje Entomologický ústav, Hydrobiologický ústav, Parazitologický ústav, Ústav molekulární biologie rostlin, Ústav půdní biologie, Středisko služeb zabezpečující administrativní a technické služby a výzkumnou infrastrukturu SoWa (Soil and Water) pro komplexní monitorování půdních a vodních ekosystémů v kontextu trvale udržitelného využívání krajiny.

Biologické ústavy AV ČR působící v Českých Budějovicích (od 2006 společně tvořící Biologické centrum AV ČR) se těší respektu domácích i zahraničních vědců, s nimiž výrazně spolupracují (vzájemné vedení doktorandů, zahraniční stáže, prestižní mezinárodní konference, publikace a výzkumné projekty).

Vedle biologických ústavů AV ČR působí od 2004 v Českých Budějovicích i společenskovědní pracoviště AV ČR Centrum raně novověkých studií, společné výzkumné a ediční pracoviště Historického ústavu Filozofické fakulty Jihočeské univerzity a Historického ústavu AV ČR, které se nachází v areálu univerzity a AV ČR ve Čtyřech Dvorech. Jeho poslání spočívá zejm. v kritickém edičním zpřístupňování pramenů k českým dějinám raného novověku. K prezentaci výsledků práce centra slouží společný ediční projekt obou ústavů, který nese název Prameny k českým dějinám 16.—18. století. 

V minulosti v Českých Budějovicích sídlil také Ústav systémové biologie a ekologie (s daným názvem od 1. 7. 2005, dříve Ústav ekologie krajiny, od 2012 pod názvem Centrum výzkumu globální změny sídlil v Brně), jehož aktuálním právním nástupcem je Mikrobiologický ústav AV ČR, jehož jedna pobočka je v Třeboni. Historicky navázal na činnost Ústavu krajinné ekologie a Laboratoře analytické chemie JčBC. Předmětem výzkumu, probíhajícího na třech hierarchických úrovních (atomární až buněčné, buněčné až populační, populační a krajinné), byl systém chápaný jako přírodně-sociální jev. Výzkumný program byl zaměřen na problematiku biologicky aktivních a cizorodých látek a toxických mikroelementů, hodnocení narušení struktury a funkcí krajiny na základě použití stresového konceptu, biodiverzitu a ekologicky šetrné hospodářství. Společným vědeckým i pedagogickým projektem tohoto ústavu a českobudějovické biologické fakulty se stalo Akademické a univerzitní centrum v Nových Hradech (Academic and University Center of Nové Hrady), jehož sídlem je zámek Nové Hrady.